Биоинформатик-программист

Описание вакансии

Отдел биоинформатики и системного анализа ищет специалистов для работы с данными секвенирования человека. За последние годы опубликованы результаты по нескольким масштабным проектам, в которых мы приняли непосредственное участие:

• База данных популяционных частот генетических вариантов населения Российской Федерации. Для создания Базы использовали данные полногеномного секвенирования 120 тысяч человек со всей России.
• Российский референсный геном человека
• Российский эталонный образец

Мы активно развиваем эти проекты и запускаем ряд новых исследований в медицинской сфере. Для реализации всех планов мы расширяем команду биоинформатиков и рассматриваем резюме опытных специалистов. Сейчас нам особенно интересны специалисты, готовые развиваться в сторону более технической биоинформатики (поддержание и обновление существующих пайплайнов, тестирование новых программ, обеспечение воспроизводимости результатов обработки данных, оптимизация потребления ресурсов, написание технической документации). Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.

Обязанности:

• Поддержание и развитие существующих пайплайнов по анализу данных секвенирования (WGS, RNASeq).
• Компиляция и установка биоинформатических программ.
• Дебаг и исправление ошибок в чужом коде.
• Разработка и ведение технической документации.
• Описание результатов исследований в форме информационно-аналитических отчетов и справок.

Требования:

Основные:

• Знание как минимум одного языка программирования на продвинутом уровне.
• Опыт работы в командной строке (bash), владение Git.
• Умение работать с вычислительными кластерами
• Знание английского языка на уровне чтения технической документации и научных статей.
• Навыки самостоятельной работы; готовность брать на себя ответственность за результат.
• Готовность заниматься методической работой, написанием технической документации.
• Быстрая обучаемость.
• Внимательность, аккуратность.

Организационные:

• Наличие диплома о высшем образовании. В приоритете техническое, математическое, биоинформатическое, медико-биологическое образование.
• Очное присутствие в офисе в Москве обязательно.

Будет плюсом:

• Знание основ генетики человека, молекулярной биологии.
• Понимание принципов работы технологий высокопроизводительного секвенирования.
• Наличие открытых репозиториев на Github.
• Готовность участвовать в написании научных статей.
• Опыт представления результатов в виде статей, докладов.
• Инициативность.

Зарплата:

120-200 тыс. руб. в зависимости от навыков, опыта работы и скорости обучения. Выход за рамки вилки возможен и оговаривается отдельно.

Условия:

• График работы: 9:30-18:00 (включая 30 минут на обед). При необходимости есть возможность сдвинуть время начала рабочего дня.
• Работа исключительно очно (метро Щукинская, МЦД Стрешнево), удаленного формата нет.
• Индивидуальное рабочее место с мощным ноутбуком и двумя мониторами.
• Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.
• Парковка есть, оговаривается индивидуально.

Что мы можем предложить:

• Разнообразные задачи в зависимости от имеющихся навыков и желаемой траектории развития.
• Очень много данных и мощная инфраструктура для их анализа.
• Прозрачные рабочие процессы: отслеживаем задачи в Gitlab.
• Светлый, просторный офис рядом с парком, в 10-15 минутах ходьбы от станции метро Щукинская и МЦД Стрешнево.
• Индивидуальное рабочее место с мощным ноутбуком и двумя мониторами.
• Посещение семинаров, школ, конференций и других мероприятий за счет работодателя.

Стек технологий:

• Язык разработки: Python, bash
• Работа с пайплайнами: Docker, CWL
• Совместная работа над кодом: GitLab

Ключевые навыки

• Работа с базами данных
• Bash
• Python
• Docker
• Сбор и анализ информации